Antibiogramme – lutter contre la RAM grâce au diagnostic

Dans le cas d’une infection bactérienne, un antibiogramme (ou test de sensibilité aux antimicrobiens – TSA) est effectué afin d’identifier quel protocole de traitement est spécifiquement efficace dans le cadre d’une infection [1]. Lorsque l’espèce bactérienne à l’origine de l’infection est clairement identifiée, elle peut être traitée en conséquence. Pour ce faire, il est nécessaire de savoir quel antibiotique et quel dosage seront efficaces. Les informations fournies par l’antibiogramme aident par conséquent les cliniciens à choisir le traitement adéquat pour les patients sur la base d’un diagnostic.

L’identification correcte d’une infection bactérienne associée à un antibiogramme peut avoir un impact significatif sur l’évolution de la résistance aux antimicrobiens (RAM). Un diagnostic inapproprié et ses aléas sont l’un des principaux facteurs de l’usage excessif et inapproprié des antimicrobiens. Lorsque des tests pertinents sont prescrits et que des résultats de diagnostic rapides sont disponibles, la mise en place d’un traitement antimicrobien sur mesure est facilitée, ce qui permet d’optimiser les résultats thérapeutiques pour les patients. C’est là non seulement la solution la plus bénéfique pour le patient, qui reçoit une thérapie ciblée pour l’amener plus rapidement sur la voie de la guérison, mais également une manière d’économiser les coûts inutiles pour le système de santé.

Il est souvent rappelé que les investissements dans la production de nouveaux antimicrobiens ne sont pas intéressants pour les sociétés pharmaceutiques, du fait d’un faible retour sur investissement [2]. Ce problème doit être résolu de manière urgente, car il est prioritaire d’assurer un financement durable de la recherche. C’est aussi l’une des principales raisons pour lesquelles il est vital de se concentrer sur les tests de diagnostic dans les hôpitaux et les structures de soins ambulatoires – que nous pouvons améliorer de manière réaliste si une sensibilisation et une gestion appropriées sont mises en place. Les TSA pourraient favoriser la poursuite de l'utilisation des antibiotiques courants et d’antibiotiques de réserve qui sont réservés aux patients qui ont développé une résistance élevée au traitement de première intention.   

Le traitement des infections devrait être ciblé, mais ce n’est souvent pas le cas en pratique. Par exemple, jusqu’à 80 % des infections des voies urinaires suspectées s’avèrent négatives et ne nécessitent par conséquent pas d’antibiotiques [3]. L’un des principaux facteurs de la résistance aux antimicrobiens est l’usage excessif et inapproprié des antibiotiques, en particulier dans les pays où les antibiotiques sont vendus sans ordonnance.

Connaître le profil de résistance de l’infection bactérienne aide à déterminer l’antibiotique approprié pour la traiter, et un antibiogramme est la seule alternative pour savoir quel antibiotique sera efficace. L’utilisation d’une thérapie ciblée élimine les infections plus rapidement et plus facilement, en réduisant la probabilité de renforcer la résistance aux antimicrobiens [4].

Pour dépister une infection des voies urinaires (IVU), la bandelette est la méthode la plus fréquemment utilisée. Cette méthode détecte la présence de nitrites, un produit dérivé de certaines espèces nitrifiantes (par ex. Escherichia, Proteus, Klebsiella). Cependant, certains agents pathogènes ne génèrent pas de nitrites (par ex. Enterococcus, Gonococcus, Staphylococcus, Pseudomonas), ce qui signifie que le paramètre nitrites n’est pas toujours fiable pour confirmer une suspicion d’IVU. De plus, un nombre élevé de globules blancs n’indique pas toujours une infection bactérienne. Par conséquent, si des symptômes typiques sont présents, un résultat négatif à la bandelette urinaire est insuffisant pour exclure une infection [5].

Bien qu’elle soit lente et coûteuse, la culture urinaire reste un test très important dans le diagnostic des IVU, en particulier pour isoler le micro-organisme infectieux. L'identification des espèces et l’antibiogramme permettent de déterminer les profils de sensibilité et de résistance des agents pathogènes spécifiques à une gamme d'antibiotiques à partir d'une culture positive. Les professionnels de santé peuvent ainsi prescrire le traitement approprié [1]. Ce n’est pas encore une pratique standard au niveau mondial, mais cette transition pourrait avoir un impact considérable sur la lutte contre les RAM.

La capacité d’exclure rapidement les infections des voies urinaires (IVU) peut contribuer à réduire le nombre d’antibiotiques prescrits inutilement. Par conséquent, une méthode rapide et fiable permettant d’exclure les infections urinaires peut conduire à une amélioration du flux de travail du laboratoire et de la gestion des antimicrobiens.

L’antibiogramme n’est certainement pas un concept nouveau, et plusieurs méthodes ont été utilisées au fil des ans. La méthode de diffusion en milieu gélosé (également appelée méthode Kirby-Bauer) est la méthode de référence pour confirmer la sensibilité des bactéries, et même le grand public reconnaîtra peut-être les images de ces petits disques dans des boîtes de Petri. Pour cette méthode, un inoculum bactérien est appliqué sur milieu gélosé dans une boîte de Petri, et des disques de papier imprégnés de différents types d’antibiotiques sont ensuite placés sur sa surface. Les boîtes sont incubées pendant 16 à 24 heures et les résultats sont déterminés par le diamètre de l’inhibition de croissance autour de chaque disque antibiotique [6]. Cette technique est simple et abordable, mais elle demande beaucoup de travail et le patient peut attendre plusieurs jours avant d’obtenir les résultats.

L’une des premières méthodes TSA a été la méthode du micro-bouillon ou de dilution en tube, qui consiste à préparer des dilutions d’antibiotiques dans un milieu de culture liquide distribué dans des tubes à essai, en les inoculant avec une suspension bactérienne standardisée, en les incubant pendant la nuit, puis en examinant la croissance bactérienne visible. Cette méthode n’a pas été considérée comme très précise en raison de la préparation manuelle des dilutions d’antibiotiques. C’était aussi une tâche fastidieuse, qui nécessitait beaucoup d’espace et de ressources [6]. Des outils permettant d’automatiser ce processus sont disponibles, mais ils ne sont pas adaptés pour établir un antibiogramme rapide ou direct.

Il s’est avéré assez tôt que les techniques d’antibiogramme donnaient des résultats assez variables et qu’une méthode standardisée serait nécessaire pour progresser. Les méthodes actuelles sont standardisées et parfois automatisées, mais elles reposent sur des tests bactériens phénotypiques dont les résultats ne sont souvent disponibles que deux jours après le début des tests ou du traitement [7]. Le raccourcissement du délai d’obtention du résultat du test, tout en conservant son aspect phénotypique, pourrait avoir un impact énorme dans le domaine de la santé en général, et en particulier en ce qui concerne l’augmentation des résistances aux antimicrobiens.

Différentes méthodes TSA sont utilisées en fonction de la souche bactérienne suspectée et du type de ressources disponibles, mais de nouvelles technologies sont également en cours de développement pour améliorer et accélérer le processus des antibiogrammes. Le diagnostic basé sur la micro fluidique est l’un des outils émergents les plus prometteurs pour le TSA [8]. Un échantillon est chargé sur une puce microfluidique et les bactéries présentes sont capturées dans des pièges de la taille d’une bactérie. Les bactéries piégées sont surveillées, le temps de chargement donnant une estimation de la densité des bactéries dans l’échantillon. La croissance bactérienne est suivie dans chaque piège, dont certains contiennent un antibiotique candidat. Les taux de croissance moyens sont calculés en temps réel et les bactéries sont considérées comme sensibles si leur croissance est inhibée [9]. Les dispositifs microfluidiques couplés à une détection optique permettent de réaliser un antibiogramme et de réduire le délai d’obtention des résultats de quelques heures à quelques minutes [8], ce qui pourrait constituer un grand pas en avant dans la lutte contre l’usage excessif et inapproprié des antimicrobiens.

La lutte contre la résistance aux antimicrobiens ne doit certainement pas se limiter à la manière dont nous prescrivons et utilisons les antibiotiques, mais c’est un aspect fondamental. La disponibilité et la commercialisation des antibiotiques diffèrent considérablement d’un pays à l’autre, ce qui est un facteur important à prendre en compte lors de l’établissement de directives nationales [10]. Une étude de 2019 sur les directives de traitement des IVU à travers l’Europe a révélé que les fluoroquinolones, une classe d’antibiotiques souvent utilisés comme traitement à large spectre dans les infections bactériennes, présentent une forte variation de résistance chez E. coli allant de 11 % à 32,8 %.

Lorsqu’on parle de résistances croissantes à l’échelle mondiale, il ne s’agit pas seulement de souches bactériennes résistantes aux antibiotiques. Il faut prendre en compte également les virus, les champignons et les parasites qui deviennent respectivement résistants aux antiviraux, aux antifongiques et aux antiparasitaires. Un diagnostic précoce et précis est un aspect essentiel dans les efforts de contrôle des RAM. Sysmex dispose actuellement de solutions qui peuvent aider les laboratoires à détecter les bactéries, sur la base desquelles les cliniciens peuvent identifier les infections et évaluer le succès du traitement (par exemple avec l’UF-5000).

De nos jours, les professionnels de santé et les patients sont de plus en plus conscients qu’un traitement antibiotique inapproprié cause de nombreux problèmes, outre la résistance aux antimicrobiens. Cela conduit certains pays à orienter le système de santé vers un régime de prescription plus rigide. Mais cela n’empêche pas néanmoins un traitement inapproprié, qui peut provoquer une aggravation de la maladie chez les patients souffrant d’une infection bactérienne. Par conséquent, davantage de diagnostics et de traitements fondés sur des données probantes sont nécessaires.

Nous travaillons toujours pour sortir du statu quo et investissons du temps et des ressources dans de nouvelles méthodes et technologies prometteuses. Les nouvelles méthodes et technologies de diagnostic font partie des principaux piliers des programmes d’intendance, renforçant le besoin de gestionnaires bien informés au sein des gouvernements, ainsi que dans nos hôpitaux et cabinets médicaux, sur les lieux de prise en charge et dans notre vie quotidienne [11]. Un bon début serait de mener des campagnes de sensibilisation à grande échelle pour éduquer le public sur le sujet des antibiogrammes et de la résistance aux antimicrobiens.

Si nous parvenons à sensibiliser davantage les décideurs politiques sur le fait que nous pouvons dès à présent faire face à la menace croissante de la résistance aux antimicrobiens, nous aurons peut-être plus de levier non seulement pour mener des campagnes de sensibilisation de plus grande envergure, mais aussi pour obtenir des ressources pour les outils nécessaires dans les hôpitaux et les centres de soin. Les tests sur le lieu de prise en charge du patient pourraient permettre les diagnostics dans les services médicaux ambulatoires et faciliter ainsi une médication fondée sur des données probantes là où la prescription d'antibiotiques est très répandue [12].

Le phénomène de résistance aux antimicrobiens existe depuis longtemps, et il ne va probablement pas disparaître de sitôt. Nous devons par conséquent développer de nouvelles solutions à plusieurs niveaux, de l’innovation pharmaceutique à des diagnostics rapides et fiables pour divers contextes de soins de santé, sans oublier la sensibilisation du public.

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